Eesti Väitlusselts loodi 1994. aastal Avatud Eesti Fondi programmina George Sorose algatatud avatud ühiskonna liikumise raames. 1998. aastal sai meist iseseisev mittetulundusühing. Oma tegutsemise algusest on Eesti Väitlusselts igal aastal korraldanud suvekooli, alates 1996. aastast toimuvad keskkoolide ja 1999. ülikoolide Eesti meistrivõistlused.
Täna on Eesti Väitlusselts üleriigiline vabaühendus, kelle argumenteerimisele üles kutsuval häälel on arvestatav kaal nii haridusmaastikul, koolitusturul kui ühiskondlikus arvamuskultuuris. Aastate jooksul oleme koostöös avaliku ja erasektori partneritega viinud läbi sadu projekte ja üritusi. Oluliseks koostööpartneriks ja rahastajaks on läbi aastate olnud haridus- ja teadusministeerium.